第3乌克兰方面军由于地处低洼地区,前方后方都是一片河网水道,所以处境有些困难。此外,多瑙河构成了一道横贯苏军交通线上的巨大障碍。在前方地域这些水障有利于防御,而在后方,则使部队运动和补给问题复杂化了;多瑙河里还布满了浮冰,对在布达佩斯以南使用着的八座浮桥(有些浮桥的最大载重量仅六十吨)和渡口构成威胁。为了克服这一困难,建造了一道高架缆车道,每天能向河对岸运送一千两百吨物资,同时苏军前方地域内首次使用了输油管输送燃料。
3月5日夜晚,勒尔的e集团军群渡过德拉瓦河进攻保加利亚第1集团军和南斯拉夫第3集团军,而安吉利斯的第2装甲集团军进攻巴拉顿湖南部的沙罗欣的苏军第57集团军。可是这些进攻仅是辅助性的。主要攻势于第二天在巴拉顿湖和韦伦采湖之间的地域展开,第6党卫军装甲集团军为右翼,第6集团军为左翼,进攻对象是加根的第26集团军和扎赫瓦塔耶夫的第4近卫集团军。德军发动攻势之前进行了三十分钟短时间的炮火准备,由于飞机数量有限,飞行气象条件恶劣,空中支援受到限制。突击的速度开始慢下来,起初两天,仅前进四英里。四天后推进十六英里,党卫军向第26集团军的进攻比较顺利。德军攻势减慢和停止的原因是第3乌克兰方面军炮兵司令涅杰林展开了预备炮兵,加以特罗费缅科的第27集团军的部队被调来堵住突破口。双方伤亡都很严重。3月10日,局势使托尔布欣担忧不已,因为苏军大部分预备队已投入了战斗,为此他要求把眼下仍在多瑙河以东留作最高统帅部预备队的一支部队‐‐格拉戈列夫的第9近卫集团军调给他。这一要求被拒绝了,因为到3月4日,德军的攻势看来正在失去势头。可是,3月14日韦勒把他的以第6装甲师为骨干的剩余的装甲预备队投入战斗。这支由二百辆坦克和强击炮组成的混合部队在以后的几天内,继续与特罗费缅科的第27集团军作战。第2装甲师对巴拉顿湖以南的进攻虽几经改变突击方向,但在沙罗欣的第57集团军炮火的压制下陷于停顿。在德拉瓦河的南斯拉夫部队和保加利亚部队在苏联军队的支援下成功地牵制了德军的桥头堡。
当苏军最高统帅部看清了韦勒已智穷力竭,便下令开始反攻。马利诺夫斯基的第2乌克兰方面军还未曾参战,第9近卫集团军作为预备队也未投入战斗。反攻由第2乌克兰方面军和第3乌克兰方面军实施,铁木辛哥以最高统帅部代表身份进行协调。原先的意图是马利诺夫斯基向维也纳实施主要突击。然而苏军最高统帅部于3月9日改变了计划,指定克拉夫琴科的第6近卫坦克集团军归托尔布欣指挥,这样托尔布欣可以用它包围和消灭在韦伦采湖和巴拉顿湖之间的巴尔克的第6集团军和迪特里希的第6党卫军装甲集团军。
3月16日,扎赫瓦塔耶夫的第4近卫集团军和格拉戈列夫的第9近卫集团军以克拉夫欣科的第6近卫坦克集团军作预备队攻击在韦伦采湖西北方的巴尔克的德军第6集团军的左翼,并向西南方出击以夺取韦伦采湖和巴拉顿湖之间的地域,这样便可切断巴尔克的第6集团军的部分部队与迪特里希的整个第6党卫军装甲集团军的联系。加根的第26集团军和特罗费缅科的苏军第27集团军,企图从正面牵制住这两个集团军。韦勒提出用迪特里希的部队攻击苏军翼侧的建议,直到几天后才获得希特勒的批准,但为时已经太迟了。党卫军部队开始退却,有时没有命令就撤退。愤怒的元首完全不顾纳粹党昔日的骄傲,命令他的一名私人代表前往匈牙利监督,把党卫军成员(包括阿道夫&iddot;希特勒近卫师成员)的袖章一一撕去。
在攻势之初,据说第3乌克兰方面军只有一个半弹药基数,尽管这可能无法满足刚从第2乌克兰方面军调来的第6近卫坦克集团军的需要量。在第17、第18航空集团军的强大空中支援下,第4和第9近卫集团军在德军顽强抵抗面前进展缓慢,因为德军奋力保持撤退线路畅通;一直到3月19日,克拉夫琴科的第6近卫坦克集团军才投入战斗。德军逃跑的通道最后被压缩到不足两英里宽,德军的大部都通过这一缺口逃走,丢弃了大部分重装备。当德军穿过巴科尼森林纷乱地向西撤退时,战斗发展成追击战。这是因为德军事先没有准备中间防御阵地,他们根本无法站住脚。3月25日,帕波被攻陷,苏军装甲部队开始向西北方的拉包河和奥地利边境推进。同一天,韦勒被解除南方集团军群司令的职务,由希特勒认为是防御专家的伦杜利克接任。这时,在北方的马利诺夫斯基的第2乌克兰方面军已经肃清了埃斯泰尔戈姆和赫龙河谷,并向布拉迪斯拉发推进。马利诺夫斯基的第2乌克兰方面军于4月4日攻占该城。
德军在匈牙利的抵抗已到了尽头。在北方,克赖辛指挥的德军第8集团军在马利诺夫斯基的第2乌克兰方面军进入奥地利前就迅速地撤退了。第6集团军和第6党卫军装甲集团军的部队为防守拉包河防线作了些努力,他们被势如破竹地攻入奥地利的第3乌克兰方面军所绕过。在南翼,沙罗欣的苏军第57集团军和保加利亚第1集团军,与安吉利斯的第2装甲集团军进行了殊死的战斗,终于在4月2日攻占了瑙杰考尼饶产油区。由于已经抵达奥地利边界,为轴心国作战,士气和热情本来就一直低落的匈牙利人便开始大批大批的投降,在4月底的前两天内,投降的不少于四万五千人。